Dal 2003 Antigone guida un Osservatorio europeo sulle condizioni di detenzione finanziato dall'Unione Europea, che coinvolge a oggi nove Stati. L'Osservatorio europeo nasce da un antico progetto di Antigone che aveva visto già dal lontano 2000 i primi accordi con alcuni partner e i primi studi. Oggi è una realtà che opera a pieno regime, con un lavoro di ricerca comparata sui sistemi penitenziari dei Paesi coinvolti e con un'attività di advocacy che mira a influenzare le politiche penal-penitenziarie nazionali e sovranazionali e a rafforzare i meccanismi di tutela dei diritti umani nei luoghi di privazione della libertà personale.